Nascido em Beverley, condado de Yorkshire (Inglaterra), em 1469, após fazer os primeiros estudos na sua cidade natal, cursou a Universidade de Cambridge. Em 1491 recebeu dispensa papal para ser ordenado aos 22 anos, antes da idade canônica. Em 1497 foi nomeado vigário de Northallerton. Em 1501, João Fisher foi nomeado vice-chanceler e depois chanceler vitalício da Universidade de Cambridge.
Fisher era capelão e confessor de Lady Margarida Beaufort, mãe de Henrique VII, com quem João tinha um bom relacionamento. Entretanto, quando Henrique VII faleceu em 1509, o bispo Fisher teve um primeiro atrito com o novo monarca, Henrique VIII, que queria apropriar-se dos fundos que sua avó havia deixado para financiar fundações em Cambridge.
Henrique VIII, casado há 20 anos com Catarina de Aragão, apaixonou-se por Ana Bolena, com a qual quis casar-se. O monarca tentou todos os meios para anular seu casamento com a rainha. No entanto, o bispo João Fisher opôs-se veementemente compareceu diante dos legados da corte, declarando que, como São João Batista, estava disposto a morrer para defender a indissolubilidade do matrimônio.
O rei insuflou o Parlamento contra Dom Fisher, o que gerou um estremecimento na sua relação com a Igreja. Tal fato gerou ataques velados contra a Igreja, e depois de aproximadamente um ano, como prosseguiam as investidas contra a Igreja Católica, Dom Fisher e os bispos de Bath e de Ely apelaram para a Santa Sé. A reação do rei não se fez esperar: emitiu um edito proibindo tais apelos e mandou encarcerar os prelados, libertando-os alguns meses depois.
Em fevereiro de 1531, Richard Roose (ou Coke), cozinheiro de Dom Fisher, colocou veneno na sopa a ser servida no palácio e aos pobres. Em consequência, dois pobres morreram e vários outros passaram mal, como também alguns criados. O bispo Fisher adoeceu gravemente, só não morrendo por milagre. A opinião pública viu no ocorrido um atentado contra a vida de Dom Fisher. Para mostrar que nada tivera com o caso, Henrique VIII mandou passar um ato no Parlamento considerando o envenenamento crime de alta traição, passível de morte lenta do réu por cozimento, sorte reservada a Richard Roose, o primeiro a ser assim executado.
Em maio de 1532, Sir Tomás More, Chanceler do Reino e futuro mártir, resignou à Chancelaria para não ter que aprovar o divórcio do rei. Um ano depois, Tomás Cranmer, titular da Sé de Canterbury, aprovou em maio o divórcio de Henrique VIII e no dia 1º de junho coroou Ana Bolena rainha da Inglaterra.
Em 1534 o Parlamento fez passar um Ato de Sucessão obrigando todos a reconhecerem com juramento como legítimos herdeiros do trono os filhos da união de Ana Bolena com o rei. Dom Fisher recusou-se a prestar tal juramento, sendo por isso novamente encarcerado. Teve ainda todos os seus bens confiscados e sua Sé de Rochester declarada vacante. São Tomás More, que também se recusou a prestar o juramento, foi igualmente preso poucos dias depois.
A alguns bispos que tentavam fazê-lo ceder, disse Dom Fisher: “A fortaleza está traída por esses mesmos que a deveriam defender”. Com efeito, com exceção dele, a totalidade dos bispos ingleses, por medo e falta de zelo, aceitaram a ruptura com Roma e a fundação de uma igreja anglicana. E, com poucas e honrosas exceções, a nação inteira aderiu a essa apostasia.
Em maio de 1535 o Papa Paulo III elevou Dom Fisher à honra de Cardeal-Presbítero de São Vital, para que ele recebesse melhor tratamento na prisão. Mas isso teve um efeito contrário. O rei proibiu que seu chapéu cardinalício fosse levado à Inglaterra, dizendo que antes enviaria a Roma a cabeça do prelado. De fato, com base em falsos testemunhos e tratando o prisioneiro como cidadão comum, uma corte de justiça declarou-o réu de alta traição e o condenou a ser enforcado, estripado e esquartejado. Não podia ir mais longe o ódio contra esse paladino da fé.
Como a sentença provocou muita reação na população de Londres, Henrique VIII substituiu-a pela decapitação.
No dia 22 de junho de 1535, tendo o agora cardeal João Fisher sido despertado às cinco horas da manhã para ser executado, pediu licença para… descansar um pouco mais. E dormiu profundamente por mais duas horas. O que revela a paz de consciência e tranquilidade de espírito desse herói da fé diante da morte cruel.
No momento da execução, disse ao povo presente: “Vim aqui para morrer pela fé da Igreja Católica e de Cristo”. Após rezar o Te Deum e o salmo In Te Domine speravi, foi decapitado.